Сведения о первоначальном городском плане Воронежа содержатся в «Дозорной книге» 1615 года. В то время город-крепость был срублен и располагался на берегу реки Воронеж. В плане он представлял собой неправильный четырехугольник с периметром около 130 саженей, то есть был очень мал: внутри него из-за недостатка места не было ни жилья, ни осадных дворов, и даже соборную церковь предполагалось вынести. Однако при этой небольшой крепости находился большой гарнизон — 666 дворов служилых людей. Эти дворы были надежно защищены второй линией укреплений стоячим острогом на тарасе с 25 башнями, засыпанными землей; за острогом был ров, а за рвом-надолбы. Воронеж был типичным военным поселением, о чем наглядно свидетельствует решительное преобладание в его населении служилых людей (около 70%), преимущественно «по устройству».
В городском остроге остались только слободы ратных людей: Стрелецкая, Казачья, Беломестная атаманская, Затинная и Пушкарская; посадское население получило территорию между острогами. и река, где образовалась Монастырская слобода (у Успенского монастыря). Впоследствии к ним была присоединена Ямная слобода, а по другую сторону острога, на горе Чижовка, появилась Чижовская слобода стрельцов и казаков. В результате воронежские поселения https://versia.ru/alenka-stanet-gostem-rok-festivalya-chernozem-v-voronezhe окружили крепость кольцом. Расположение приходских церквей подчеркивало это кольцевое и равномерное распределение поселений: Ильинская церковь Стрелецкой слободы, Пятницкая казачья и Покровская Беломестная были вынесены к переходным башням острога. Никольская церковь Стрелецкой слободы располагалась рядом с базарной площадью (и, соответственно, парадным фасадом крепости), а парный ансамбль Рождественской и Георгиевской церквей Казачьей слободы отмечал главную улицу города, идущую от Казачьих ворот к крепостной башне.
Первые летописные упоминания слова «Воронеж» датируются 1177 годом, когда рязанский князь Ярополк, проиграв битву, бежал «в Воронож» и там переезжал «из города в город» Современные данные археологии и истории трактуют Воронеж как географическую область, включавшую в себя реку Воронеж (приток Дона) и ряд населенных пунктов. В низовьях реки был обнаружен уникальный славянский градостроительный комплекс 8-начала 11 века, который охватывал территорию нынешнего города Воронежа и его окрестностей (протяженностью около 42 км, около 13 крепостей и много не укрепленных деревень). К XII – XIII векам большая часть старых городов была опустошена, но новые поселения появились выше по течению, ближе к Рязани..
Долгие годы господствовала гипотеза советского историка Владимира Загоровского: он произвел топоним «Воронеж» от гипотетического славянского личного имени Воронеж. Этот человек якобы дал название небольшому городу в Черниговском княжестве (ныне село Воронеж на Украине[19]). Позже, в 11-м или 12-м веках, поселенцы смогли «перенести» это название на Дон, где назвали второй город Воронеж, а река получила свое название от города.[20][21] Однако сейчас многие исследователи критикуют эту гипотезу, так как в действительности ни имя Воронега, ни ни второй город не был выявлен, и обычно названия русских городов повторяли названия рек, но не наоборот.
Лингвистический сравнительный анализ названия «Воронеж» был проведен Фондом Хованского в 2009 году. Есть указание на топонимы многих стран Евразии, которые отчасти могут быть не только близки по звучанию, но и объединены общими индоевропейскими языками: варанаси, Варна, Верона, Брнои др.
Всесторонний научный анализ был проведен в 2015-2016 годах историком Павлом Поповым. Его вывод: «Воронеж» — вероятный славянский макротопоним, связанный с выдающимися признаками природы, имеет корень ворон-(от протославянского ворн) в значении «черный, темный» и суффикс-еж (-аж,- ожОна не была “перенесена” и в 8-9 веках обозначила обширную территорию, покрытую черными лесами (дубравами) — от устья реки Воронеж до Вороножских летописных лесов в среднем и верхнем течении реки, а также на западе до Дона (многие леса были вырублены). Историк считает, что главный «город» раннего градостроительного комплекса мог повторять название области – Воронеж. Сейчас городище находится в административной части современного города, на Воронежской возвышенности, в дубраве. Это один из крупнейших в Европе древнеславянских городищ, площадь которого – более 9 га – в 13 раз превышала площадь основного поселения в Киеве до крещения Руси.
В работе предполагается, что слово «Воронеж» означает воронение — прием повышения коррозионной стойкости железных изделий. Это объяснение хорошо согласуется с близостью к древнему городу Воронежу крупного месторождения железа и города Старый Оскол.
Народная этимология утверждает, что это название происходит от объединения русских слов ворон (ворон) и еж (еж) в Воронеж. Согласно этому объяснению, два славянских племени, названные в честь животных, использовали это сочетание для названия реки, которая позже, в свою очередь, дала название поселению. Считается, что нет никакой научной поддержки этому объяснению.
В 16 веке бассейн Среднего Дона, в том числе река Воронеж, был постепенно отвоеван Московией у Ногайской Орды (государства-преемника Золотой Орды), а нынешний город Воронеж был основан в 1585 году Федором I как крепость, защищавшая торговый путь Муравского пути от набегов ногайцев и крымских татар. Город был назван в честь реки.